Hoy he tenido que compilar GDAL con soporte JAVA JNI en OS X, así que puedo decir que este tutorial es el que funciona para compilar GDAL con JNI en OS X, al menos en la versión 1.11 que es la que he probado.
Y digo que este tutorial es el que funciona porque he tenido que recorrer varias webs y coger un poco de cada sitio hasta que al final he dado con algo que funciona que es lo que voy a explicar a continuación 
Esto es básicamente, mi pequeño logro del día. Necesitaba publicar Ortofotos de PNOA en Geoserver, así que me ha tocado compilar GDAL con soporte ECW, instalar la extensión de Geoserver para GDAL y todo esto en CentOS que por lo visto no es muy ‘GIS friendly’. Para los que estéis habituados a programar GDAL, esto os parecerá una chorrada, pero vamos, que seguro que más de uno tiene mi mismo problema. Ahí va una pequeña guía.